Organizacja Izby Administracji Skarbowej została określona regulaminem organizacyjnym Izby Administracji Skarbowej w Opolu na podstawie Zarządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Roz. i Fin. poz.41 ).
Izbą administracji skarbowej kieruje dyrektor izby, który odpowiada przed Szefem KAS za prawidłową i terminową realizację zadań izby i podległych urzędów. Dyrektor izby wykonuje zadania przy pomocy zastępców dyrektora izby, głównego księgowego, naczelników wydziałów, kierowników działów, kierowników referatów, kierujących wieloosobowymi stanowiskami pracy, pracowników oraz funkcjonariuszy Służby Celno-Skarbowej odpowiednio zatrudnionych albo pełniących służbę na jednoosobowych stanowiskach.
